Centrum molekulární biologie a genetiky (dále jen CMBG) je situováno v areálu Dětské nemocnice v budově pavilonu L a ve 3. a 4. patře v budově pavilonu G.
Budova pavilonu L má dvě nadzemní podlaží a suterén. V prvním nadzemním podlaží jsou umístěny laboratoře sekce průtokové cytometrie a laboratorní a kancelářské prostory dalších sekcí. V 2. nadzemním podlaží jsou laboratoře, kanceláře a sekretariát CMBG. CMBG nedisponuje vlastní odběrovou místností. Místnost pro příjem vzorků je umístěna v přízemí budovy pavilonu L. Výjimečně lze vzorek přijmout v 4. nadzemním podlaží budovy G (Sekce nádorové cytogenetiky). Suterén sdílí CMBG s oddělením patologie.
Laboratoře v budově pavilonu G sdílí část prostor s Ústavem lékařské genetiky a genomiky.
Laboratoře CMBG jsou prostorově a technicky vybaveny tak, aby bylo možno provádět všechna nabízená vyšetření (včetně práce s radioaktivními materiály).
