V této kapitole je uveden abecední seznam biologických vzorků, které laboratoř CMBG zpracovává. Pod typem materiálu je vždy uvedeno, které z pracovních sekcí z daného materiálu provádí některá ze svých vyšetření. Následný text je věnován krátkému popisu materiálu, odběru a jeho množství. Pokud některé z pracovních sekcí mají speciální požadavky pro tento typ materiálu, jsou tyto požadavky uvedeny pod popisnou částí.
Pro část biologických materiálů je na odběrových nádobkách zřetelně vyznačeno optimální odebírané množství. Podstatné nedodržení odebíraného objemu, způsobené například vadnou technikou odběru, či technickou závadou materiálu může být důvodem k neprovedení vyšetření.
Amniocentéza
Sekce: Vrozených genetických chorob
Screeningu genetických onemocnění
Sekce neonkologické hematologie a aterosklerózy
Jedná se o transabdominální průnik punkční jehly do amniální dutiny za současné ultrazvukové kontroly. Minimální odebrané množství potřebné pro vyšetření je 10 ml, optimum je 15–20 ml. Kultivace materiálu se pohybuje mezi 10–20 dny podle množství a typu amniocytů, které jsou následně použity k izolaci DNA.
Transabdominální amniocentéza je prováděna po 15. týdnu gravidity, nejčastěji v období mezi 16.–18. týdnem. Za fyziologického stavu jde o slabě nažloutlou řídkou tekutinu. Patologické stavy plodové vody jsou signalizovány změnou barvy (červená – poranění placenty, tmavě hnědá – starší krvácení nebo odumření plodu, zelená – intrauterinní dechová tíseň).
Biopsie choria
Sekce: Vrozených genetických chorob
Screeningu genetických onemocnění
Sekce neonkologické hematologie a aterosklerózy
Pod ultrazvukovou kontrolou se zavádí odběrová jehla transabdominálně nebo transcervikálně do choriové plotny a pod tlakem se nasává shluk klků (chorionic villus sampling – CVS). Odebrané choriové klky jsou vloženy do mikrozkumavky a do izolace DNA skladovány v chladícím zařízení při teplotě 4–9 °C.
CVS je možné provádět od ukončeného 10. týdne gravidity. DNA analýza z CVS se vyznačuje rizikem falešné pozitivity výsledku, jelikož při odběru choriových klků dochází často ke kontaminaci mateřskou krví. Případnou kontaminaci je do určité míry možné potlačit kultivací choriových klků.
Bukální stěr
Sekce: Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Sekce myeloidních malignit a solidních tumorů
Screeningu genetických onemocnění
Sekce neonkologické hematologie a aterosklerózy
Bukální stěr je využíván pro neinvazivní odběr genetického materiálu pro testování patologických variant v DNA pacientů event. v případech, kde je potřeba nenádorová tkáň onkologických pacientů pro potvrzení/vyvrácení germinálního původu konkrétních nalezených mutací. Stěr se provádí z bukální sliznice pacienta tak, aby nedošlo ke kontaminaci krví pacienta. Stěrka se posléze vloží do sterilní zkumavky a transportuje se při pokojové teplotě ještě týž den do laboratoře.
DNA
Sekce: Myeloidních malignit a solidních tumorů
Vrozených genetických onemocnění
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Screeningu genetických onemocnění
Sekce neonkologické hematologie a aterosklerózy
Ke genetickému vyšetření je vhodné dodat DNA rozpuštěnou např. v TE pufru (roztok chránící DNA před degradací) v takovém poměru, aby konečné množství DNA ve vzorku bylo minimálně 5000 ng. DNA vyizolovaná z různých materiálů je skladována krátkodobě (dny) při 4 °C a dlouhodobě (týdny-měsíce) při -20 °C. V případě zaslání vyizolované DNA CMBG neručí za preanalytickou fázi.
Kostní dřeň
Sekce: Myeloidních malignit a solidních tumorů
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Průtokové cytometrie
Cytogenomiky
Screeningu genetických onemocnění
Odběr materiálu je prováděn z hrudní kosti nebo plochých kostí. Doporučován je odběr 2–4 ml kostní dřeně do zkumavky s protisrážlivým činidlem EDTA. Pro vyšetření průtokovou cytometrií nesmí být vzorek kostní dřeně starší 24 h.
Pro cytogenetické účely je nutné provést odběr do heparinu!!!
Likvor (mozkomíšní mok)
Sekce: Myeloidních malignit a solidních tumorů
Průtokové cytometrie
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Likvor je nejčastěji získáván tzv. lumbální punkcí, tj. napíchnutím páteřního kanálu v bederní oblasti pacienta. Optimální je odběr 1–3 ml tekutiny do sterilní zkumavky bez aditiv.
Periferní krev
Sekce: Myeloidních malignit a solidních tumorů
Vrozených genetických onemocnění
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Průtokové cytometrie
Cytogenomická
Screeningu genetických onemocnění
Sekce neonkologické hematologie a aterosklerózy
Odběr periferní krve je prováděn z periferní žíly, nejlépe uzavřeným odběrovým systémem do sterilní náběrové zkumavky (sterilita nutná z hlediska absence RNáz při izolaci RNA). Doporučován je odběr do 10 ml zkumavek obsahujících protisrážlivé činidlo (standardně EDTA, event. citrát, pro molekulárně genetická vyšetření a pro vyšetření průtokovou cytometrií je heparin nežádoucí, pro vyšetření cytogenetická je heparin vyžadován).
Pupečníková (fetální) krev
Sekce: Screeningu genetických onemocnění
Sekce neonkologické hematologie a aterosklerózy
Kordocentéza (CC, punkce pupečníku) je invazivní metoda využívaná v rámci prenatální diagnostiky. Vyšetření lze provádět obecně od 18. gestačního týdne. Punkce pupečníku a odběr fetální krve z pupečníkové vény se provádí speciální jehlou pod ultrazvukovou kontrolu. Získané krevní elementy (lymfocyty plodu) lze užít pro molekulárně genetické a cytogenetické vyšetření. Pro molekulárně genetické vyšetření je fetální krev odebrána do zkumavky s EDTA, množství odebrané pupečníkové krve je 1–3 ml. Pro kultivaie na karyotyp a vyšetření FISH je 10 ml fetální krve odebráno do zkumavky s Lithium Heparinem.
Periferní krev pro izolaci volné fetální DNA
Sekce: Screeningu genetických onemocnění
Pro molekulárně genetické vyšetření je periferní krev matky odebrána do zkumavky s EDTA, množství odebrané pupečníkové krve je 9 ml. Transport vzorku do laboratoře do 3 hod po odběru.
Separované PBSC
Sekce: Průtokové cytometrie
Myeloidních malignit a solidních tumorů
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Sekce průtokové cytometrie: Analýza CD34+ buněk z PBSC je stěžejním vyšetřením pro hodnocení kvality transplantátu i indikací jeho odběru technikou leukaferézy. PBSC odebrané do zkumavky s EDTA nebo citrátem.
Sekce myeloidních malignit a solidních tumorů: Hodnocení přítomnosti/absence nádorových buněk v transplantátu v případě autologní transplantace PBSC po indikaci lékařem.
Suché krevní skvrny
Sekce: Screeningu genetických onemocnění
K odběru krve pro účely řádného i opakovaného novorozeneckého screeningu slouží speciální screeningové karty Guthrieho kartičky (FTA karty). V České republice jsou laboratorní vyšetření optimalizovány pro použití karet typu Whatmann 903 se 4 krevními skvrnami - ø1 cm.
Kruhy vyznačené na testovací kartičce musí být plně prosáknuty (viditelně z přední a zadní strany kartičky). Před transportem nechat uschnout při pokojové teplotě (nesmí schnout nad zdrojem tepla).
Tkáň fixovaná
Sekce: Myeloidních malignit a solidních tumorů
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Jedná se o vzorek odebraný pro histologická vyšetření nebo vzorek získaný při autopsii. Nejčastěji se jedná o tkáň fixovanou formaldehydem a zalitou v parafínu (FFPE).
Tkáň nativní (biopsie)
Sekce: Myeloidních malignit a solidních tumorů
Vrozených genetických onemocnění
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Průtokové cytometrie
Screeningu genetických onemocnění
Vzorek tkáně je odebírán za sterilních podmínek do sterilní odběrové nádobky
(s fyziologickým roztokem, nasucho, do RNA lateru, případně speciálním fixačním činidlem).
Sekce vrozených genetických onemocnění: vzorek tkáně (10–50 mg) je odebírán za sterilních podmínek do sterilní odběrové nádobky s roztokem RNAlater® (QIAGEN). Po odběru je vzorek uložen při teplotě 4 °C po dobu 24 hodin a následně se uchovává při teplotě -20 °C do izolace RNA.
Sekce myeloidních malignit a solidních tumorů: vzorek tkáně je odebírán za sterilních podmínek a prudce zamražen vhozením do tekutého dusíku (šokové zamražení), po odběru je vzorek transportován v prostředí suchého ledu nebo v tekutém dusíku a následně uchováván při teplotě minimálně -70 °C do izolace RNA. Případně je možné vzorek tkáně odebírat za sterilních podmínek do sterilní odběrové nádobky s roztokem RNAlater® (QIAGEN). Po odběru je vzorek uložen při teplotě 4 °C po dobu 24 hodin a následně se uchovává při teplotě -20 °C do izolace RNA.
Sekce screeningu genetických onemocnění: vzorek tkáně je odebírán za sterilních podmínek do sterilní odběrové nádobky s roztokem RNAlater® (QIAGEN) nebo ihned po odběru zmražen v tekutém dusíku, množství odebrané tkáně: fragment tkáně 5 mm.
Sekce Průtokové cytometrie: vzorek tkáně je odebírán do odběrové nádobky s fyziologickým roztokem. Ihned transportovat nebo uchovávat při 4–8 °C max. 4 hodiny.
Výpotek
Sekce: Průtoková cytometrie
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Odběr do zkumavky v objemu min. 0,2 ml. Zaslat co nejdříve do laboratoře. Stabilita max. 6 hodin.
