Centrum molekulární biologie a genetiky (CMBG) jako laboratorní pracoviště nedisponuje odběrovým místem pro žádný typ analyzovaného materiálu. Konkrétní postupy odběru jsou tedy v plné kompetenci požadujících zařízení. Tato pracoviště jsou pouze povinna přihlédnout k specifikám, která odběr zejména některých speciálních materiálů vyžadují.
Laboratorní příručka CMBG je k dispozici na našich webových stránkách (www.cmbgt.cz). Spektrum nabízených vyšetření je uveden v kapitole F laboratorní příručky.
Aktuální verze žádanek a informovaných souhlasů pacienta jsou k dispozici na internetových stránkách Centra molekulární biologie a genetiky (www.cmbgt.cz).
Zadavatel je povinen na žádance přesně specifikovat druh jím požadovaného vyšetření. V případě nutnosti může vyplnit časovou naléhavost vyšetření. Tato pak musí být vyplněna vždy jedná-li se o vyšetření urgentní.
Dále jsou povinnými údaji na žádance:
Odběrové nádobky s biologickým materiálem musí být rovněž označeny:
Odebraný biologický materiál je po transportu přejímán pracovníky laboratoře CMBG, kde proběhne vizuální kontrola kvality vzorku a dále prověření shody mezi vzorkem a přiloženou žádankou.
Postup laboratoře při nesprávné identifikaci biologického materiálu
Při nedostatečné identifikaci pacienta z hlediska nezaměnitelnosti biologického materiálu se analýza neprovádí. Odesílající subjekt obdrží informaci o odmítnutí nesprávně identifikovaného biologického materiálu.
Pokud je takovýto vzorek dodán a jedná se o nenahraditelný vzorek, laboratoř tento vzorek vyšetří, ale výsledek bude uvolněn pouze tehdy, když požadující lékař (pracoviště) převezme plnou odpovědnost za identifikaci dodaného vzorku. Pracovník příjmu uvede na žádance tuto okolnost, která je pak přenesena do výsledkové zprávy.
Všechny případné změny související s identifikací vzorku a údajů o pacientovi jsou náležitě dokumentovány se jmenovitým vypsáním kdo, kdy a proč změnu provedl. Dokumentace o dodatečných změnách je řazena k žádankám o&nbps;vyšetření nebo jsou tyto údaje zaznamenány přímo na žádanku.
Postup laboratoře při nesprávně nebo neúplně vyplněné žádance (s výjimkou údajů z předchozí kap.)
Pokud je k dispozici údaj o odesílajícím lékaři a základní identifikace nemocného, laboratoř doplní chybějící údaje po telefonické domluvě. Záznam o doplnění údajů bude proveden přímo na žádanku a bude obsahovat minimálně údaje o datu a času doplnění, kontaktující a kontaktované osobě. Pokud laboratoř zasílá neúplnou žádanku k doplnění zpět na odesílající pracoviště, odpovědný pracovník původní nekompletní žádanku okopíruje a kopie se ponechá do doby, než bude zpět doručena žádanka kompletní. Laboratoř se snaží, aby vzorek pacienta s neúplně nebo nesprávně vyplněnou žádankou mohl být zpracován.
Pokud je k dispozici základní identifikace nemocného, ale nejsou k dispozici identifikační údaje požadujícího lékaře/pracoviště, laboratoř tento vzorek zpracuje do stádia, kdy je možné bezpečné a stabilní skladování vzorku pro případnou analýzu a vyčká, zda nebude některým z požadujících pracovišť vznesen dotaz na výsledky vyšetření. Pokud bude takovýto dotaz vznesen, je požadující pracoviště (lékař) povinen zaslat novou žádanku se všemi potřebnými údaji. V okamžiku kdy bude tato žádanka v laboratoři k dispozici, laboratoř analýzu dokončí.
Pokud by výše zmíněný dotaz nebyl vznesen ve lhůtě 3 kalendářních měsíců od data doručení vzorku do laboratoře, bude vzorek zlikvidován a původní žádanka trvale archivována.
Pokud by charakter vzorku neumožňoval jeho stabilní skladování po tuto lhůtu, nebo pokud se bude jednat o vzorek nenahraditelný, laboratoř vyšetření provede a žádanku spolu s výsledkem vyšetření archivuje do doby, než bude vznesen dotaz na výsledek.
Není-li k dispozici údaj o odesílajícím lékaři a základní identifikace nemocného, materiál se neanalyzuje, žádanka se trvale archivuje.
CMBG akceptuje informované souhlasy jiných pracovišť. Jejich kopii je však nutno vždy dodat spolu s žádankou pro dané vyšetření (s výjimkou laboratoře průtokové cytometrie). Oficiální informované souhlasy našeho pracoviště jsou k dispozici na našich webových stránkách www.cmbgt.cz.
V případě, že lékař či žadatel o vyšetření požaduje urgentní vyšetření biologického materiálu, využije stejné žádanky jako pro ostatní běžná vyšetření a zřetelně je označí červeným textem STATIM nebo se na žádance zaškrtne příslušné políčko, je-li k dispozici (pro účely laboratoří CMBG je toto označení ekvivalentní s označením URGENTNÍ VZOREK) (viz také kap. C-2 laboratorní příručky). Materiál s takto označenou žádankou bude přednostně zpracován.
Pověřený pracovník příjmu biologického materiálu přednostně provede kontrolu a identifikaci vzorku a žádanky tak, aby mohl být vzorek přednostně zpracován, zapíše datum a čas převzetí, zanese údaje o vzorku do informačního systému a provede kroky nezbytné k tomu, aby následná analýza mohla proběhnout v nejkratším možném čase.
Telefonické požadavky na opakovaná či dodatečná vyšetření lze dodatečně provést ze vzorků již do laboratoře dodaných při dodržení následujících pravidel:
Laboratoř CMBG nedisponuje odběrovou místností. Materiál pro vyšetření (tj. izolaci nukleových kyselin a jejich následnou analýzu) je odebírán v příslušných ambulancích, specializovaných odběrových centrech nebo na lůžkových odděleních požadujících pracovišť. Odběrový systém je plně v kompetenci požadujícího pracoviště. Požadující pracoviště také přebírá plnou odpovědnost za nevhodně zvolený odběrový systém pro daný typ vyšetření. Vzhledem k velkému spektru a specifičnosti řady zpracovávaných materiálů je požadující pracoviště povinno zvolit takový odběrový systém, který dokáže v pořádku uchovat příslušnou nukleovou kyselinu až do doby jejího zpracování laboratoří. Nároky kladené na materiál, jeho odběr a přepravu jsou uvedeny vždy u konkrétního vyšetření v kapitole F této příručky.
Laboratoř může vyšetřit i již na jiných kooperujících pracovištích (např. FN Motol, ÚHKT, FN Olomouc, atd.) připravené buněčné lyzáty nebo izoláty nukleových kyselin. V takovýchto případech však CMBG neručí za preanalytickou fázi vyšetření.
Většina vzorků zpracovávaných laboratoří neklade na přípravu pacienta žádné nároky. Některé speciální vzorky jsou odebírány na lůžkových odděleních požadujících pracovišť, kde se o přípravu pacienta před odběrem odborně postará obsluhující personál a ošetřující lékař. Pokud materiál vyžaduje speciální přípravu pacienta před odběrem, je toto dostatečně zdůrazněno v části F laboratorní příručky u konkrétních stanovení.
Poučení pacienta o přípravě k odběru biologického materiálu a rozhodnutí o možném vysazení terapie provádí ošetřující lékař nebo zdravotní sestra.
V této kapitole je uveden abecední seznam biologických vzorků, které laboratoř CMBG zpracovává. Pod typem materiálu je vždy uvedeno, které z pracovních sekcí z daného materiálu provádí některá ze svých vyšetření. Následný text je věnován krátkému popisu materiálu, odběru a jeho množství. Pokud některé z pracovních sekcí mají speciální požadavky pro tento typ materiálu, jsou tyto požadavky uvedeny pod popisnou částí.
Pro část biologických materiálů je na odběrových nádobkách zřetelně vyznačeno optimální odebírané množství. Podstatné nedodržení odebíraného objemu, způsobené například vadnou technikou odběru, či technickou závadou materiálu může být důvodem k neprovedení vyšetření.
Amniocentéza
Sekce: Vrozených genetických chorob
Screeningu genetických onemocnění
Sekce neonkologické hematologie a aterosklerózy
Jedná se o transabdominální průnik punkční jehly do amniální dutiny za současné ultrazvukové kontroly. Minimální odebrané množství potřebné pro vyšetření je 10 ml, optimum je 15–20 ml. Kultivace materiálu se pohybuje mezi 10–20 dny podle množství a typu amniocytů, které jsou následně použity k izolaci DNA.
Transabdominální amniocentéza je prováděna po 15. týdnu gravidity, nejčastěji v období mezi 16.–18. týdnem. Za fyziologického stavu jde o slabě nažloutlou řídkou tekutinu. Patologické stavy plodové vody jsou signalizovány změnou barvy (červená – poranění placenty, tmavě hnědá – starší krvácení nebo odumření plodu, zelená – intrauterinní dechová tíseň).
Biopsie choria
Sekce: Vrozených genetických chorob
Screeningu genetických onemocnění
Sekce neonkologické hematologie a aterosklerózy
Pod ultrazvukovou kontrolou se zavádí odběrová jehla transabdominálně nebo transcervikálně do choriové plotny a pod tlakem se nasává shluk klků (chorionic villus sampling – CVS). Odebrané choriové klky jsou vloženy do mikrozkumavky a do izolace DNA skladovány v chladícím zařízení při teplotě 4–9 °C.
CVS je možné provádět od ukončeného 10. týdne gravidity. DNA analýza z CVS se vyznačuje rizikem falešné pozitivity výsledku, jelikož při odběru choriových klků dochází často ke kontaminaci mateřskou krví. Případnou kontaminaci je do určité míry možné potlačit kultivací choriových klků.
Bukální stěr
Sekce: Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Sekce myeloidních malignit a solidních tumorů
Screeningu genetických onemocnění
Sekce neonkologické hematologie a aterosklerózy
Bukální stěr je využíván pro neinvazivní odběr genetického materiálu pro testování patologických variant v DNA pacientů event. v případech, kde je potřeba nenádorová tkáň onkologických pacientů pro potvrzení/vyvrácení germinálního původu konkrétních nalezených mutací. Stěr se provádí z bukální sliznice pacienta tak, aby nedošlo ke kontaminaci krví pacienta. Stěrka se posléze vloží do sterilní zkumavky a transportuje se při pokojové teplotě ještě týž den do laboratoře.
DNA
Sekce: Myeloidních malignit a solidních tumorů
Vrozených genetických onemocnění
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Screeningu genetických onemocnění
Sekce neonkologické hematologie a aterosklerózy
Ke genetickému vyšetření je vhodné dodat DNA rozpuštěnou např. v TE pufru (roztok chránící DNA před degradací) v takovém poměru, aby konečné množství DNA ve vzorku bylo minimálně 5000 ng. DNA vyizolovaná z různých materiálů je skladována krátkodobě (dny) při 4 °C a dlouhodobě (týdny-měsíce) při -20 °C. V případě zaslání vyizolované DNA CMBG neručí za preanalytickou fázi.
Kostní dřeň
Sekce: Myeloidních malignit a solidních tumorů
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Průtokové cytometrie
Cytogenomiky
Screeningu genetických onemocnění
Odběr materiálu je prováděn z hrudní kosti nebo plochých kostí. Doporučován je odběr 2–4 ml kostní dřeně do zkumavky s protisrážlivým činidlem EDTA. Pro vyšetření průtokovou cytometrií nesmí být vzorek kostní dřeně starší 24 h.
Pro cytogenetické účely je nutné provést odběr do heparinu!!!
Likvor (mozkomíšní mok)
Sekce: Myeloidních malignit a solidních tumorů
Průtokové cytometrie
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Likvor je nejčastěji získáván tzv. lumbální punkcí, tj. napíchnutím páteřního kanálu v bederní oblasti pacienta. Optimální je odběr 1–3 ml tekutiny do sterilní zkumavky bez aditiv.
Periferní krev
Sekce: Myeloidních malignit a solidních tumorů
Vrozených genetických onemocnění
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Průtokové cytometrie
Cytogenomická
Screeningu genetických onemocnění
Sekce neonkologické hematologie a aterosklerózy
Odběr periferní krve je prováděn z periferní žíly, nejlépe uzavřeným odběrovým systémem do sterilní náběrové zkumavky (sterilita nutná z hlediska absence RNáz při izolaci RNA). Doporučován je odběr do 10 ml zkumavek obsahujících protisrážlivé činidlo (standardně EDTA, event. citrát, pro molekulárně genetická vyšetření a pro vyšetření průtokovou cytometrií je heparin nežádoucí, pro vyšetření cytogenetická je heparin vyžadován).
Pupečníková (fetální) krev
Sekce: Screeningu genetických onemocnění
Sekce neonkologické hematologie a aterosklerózy
Kordocentéza (CC, punkce pupečníku) je invazivní metoda využívaná v rámci prenatální diagnostiky. Vyšetření lze provádět obecně od 18. gestačního týdne. Punkce pupečníku a odběr fetální krve z pupečníkové vény se provádí speciální jehlou pod ultrazvukovou kontrolu. Získané krevní elementy (lymfocyty plodu) lze užít pro molekulárně genetické a cytogenetické vyšetření. Pro molekulárně genetické vyšetření je fetální krev odebrána do zkumavky s EDTA, množství odebrané pupečníkové krve je 1–3 ml. Pro kultivaie na karyotyp a vyšetření FISH je 10 ml fetální krve odebráno do zkumavky s Lithium Heparinem.
Periferní krev pro izolaci volné fetální DNA
Sekce: Screeningu genetických onemocnění
Pro molekulárně genetické vyšetření je periferní krev matky odebrána do zkumavky s EDTA, množství odebrané pupečníkové krve je 9 ml. Transport vzorku do laboratoře do 3 hod po odběru.
Separované PBSC
Sekce: Průtokové cytometrie
Myeloidních malignit a solidních tumorů
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Sekce průtokové cytometrie: Analýza CD34+ buněk z PBSC je stěžejním vyšetřením pro hodnocení kvality transplantátu i indikací jeho odběru technikou leukaferézy. PBSC odebrané do zkumavky s EDTA nebo citrátem.
Sekce myeloidních malignit a solidních tumorů: Hodnocení přítomnosti/absence nádorových buněk v transplantátu v případě autologní transplantace PBSC po indikaci lékařem.
Suché krevní skvrny
Sekce: Screeningu genetických onemocnění
K odběru krve pro účely řádného i opakovaného novorozeneckého screeningu slouží speciální screeningové karty Guthrieho kartičky (FTA karty). V České republice jsou laboratorní vyšetření optimalizovány pro použití karet typu Whatmann 903 se 4 krevními skvrnami - ø1 cm.
Kruhy vyznačené na testovací kartičce musí být plně prosáknuty (viditelně z přední a zadní strany kartičky). Před transportem nechat uschnout při pokojové teplotě (nesmí schnout nad zdrojem tepla).
Tkáň fixovaná
Sekce: Myeloidních malignit a solidních tumorů
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Jedná se o vzorek odebraný pro histologická vyšetření nebo vzorek získaný při autopsii. Nejčastěji se jedná o tkáň fixovanou formaldehydem a zalitou v parafínu (FFPE).
Tkáň nativní (biopsie)
Sekce: Myeloidních malignit a solidních tumorů
Vrozených genetických onemocnění
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Průtokové cytometrie
Screeningu genetických onemocnění
Vzorek tkáně je odebírán za sterilních podmínek do sterilní odběrové nádobky
(s fyziologickým roztokem, nasucho, do RNA lateru, případně speciálním fixačním činidlem).
Sekce vrozených genetických onemocnění: vzorek tkáně (10–50 mg) je odebírán za sterilních podmínek do sterilní odběrové nádobky s roztokem RNAlater® (QIAGEN). Po odběru je vzorek uložen při teplotě 4 °C po dobu 24 hodin a následně se uchovává při teplotě -20 °C do izolace RNA.
Sekce myeloidních malignit a solidních tumorů: vzorek tkáně je odebírán za sterilních podmínek a prudce zamražen vhozením do tekutého dusíku (šokové zamražení), po odběru je vzorek transportován v prostředí suchého ledu nebo v tekutém dusíku a následně uchováván při teplotě minimálně -70 °C do izolace RNA. Případně je možné vzorek tkáně odebírat za sterilních podmínek do sterilní odběrové nádobky s roztokem RNAlater® (QIAGEN). Po odběru je vzorek uložen při teplotě 4 °C po dobu 24 hodin a následně se uchovává při teplotě -20 °C do izolace RNA.
Sekce screeningu genetických onemocnění: vzorek tkáně je odebírán za sterilních podmínek do sterilní odběrové nádobky s roztokem RNAlater® (QIAGEN) nebo ihned po odběru zmražen v tekutém dusíku, množství odebrané tkáně: fragment tkáně 5 mm.
Sekce Průtokové cytometrie: vzorek tkáně je odebírán do odběrové nádobky s fyziologickým roztokem. Ihned transportovat nebo uchovávat při 4–8 °C max. 4 hodiny.
Výpotek
Sekce: Průtoková cytometrie
Nádorové genomiky a lymfoproliferativních onemocnění
Odběr do zkumavky v objemu min. 0,2 ml. Zaslat co nejdříve do laboratoře. Stabilita max. 6 hodin.
Potřebné informace jsou uvedeny v předchozí kapitole u jednotlivých typů materiálu. Pokud některé z prováděných vyšetření vyžaduje speciální operace s primárním materiálem nebo pokud by se jednalo o případy, kdy by mohla být ohrožena stabilita vzorku, je toto dostatečně zdůrazněno v kapitole F laboratorní příručky u konkrétních vyšetření.
Každý vzorek biologického materiálu je považován za potenciálně infekční, proto je nutné zamezit možnému kontaktu pacientů i veřejnosti s biologickým materiálem po odběru. Svoz vzorků je zajišťován v uzavřených transportních nádobách tak, aby během transportu nedošlo k jeho rozlití nebo jinému znehodnocení, nedošlo ke kontaminaci osob nebo dopravních prostředků použitých k přepravě. Vzorky by měly být umístěny ve stojánku nebo zabezpečeny v přepravním kontejneru. V případě rozlití je třeba se řídit platnými zásadami dezinfekce a dekontaminace. Potřísnění vnější strany zkumavky nebo žádanky biologickým materiálem může být důvodem odmítnutí příjmu vzorku do laboratoře.
Transport biologických vzorků do laboratoře by měl být uskutečněn co možná nejdříve po odběru, tj. s minimální časovou prodlevou. Transport materiálu do laboratoře zajišťuje zadavatel a tento za něj také zodpovídá.
V případě, kdy doba od náběru materiálu do předání laboratoři CMBG nepřesáhne 3 hodiny, není ve většině případů nutno materiál transportovat za zvláštních podmínek (specificky v kapitole F laboratorní příručky). Pouze je nutno dbát na to, aby vzorek biologického materiálu nebyl vystaven zahřátí (sluncem, držením v ruce, apod.) nebo mrazu v zimních měsících. Je-li doba od náběru po předání delší než 3 hodiny, je optimální vzorek transportovat při 4 °C (v nádobách k tomu určených).
Laboratoř CMBG přijímá i vzorky biologického materiálu došlé poštou. Vzhledem k tomu, že během takového typu přepravy není ani laboratoř ani požadující pracoviště schopno zaručit bezchybnou preanalytickou fázi, zříká se laboratoř předem zodpovědnosti za kvalitu došlého materiálu. U hodnocení výsledků vyšetření získaných z takovéhoto materiálu je třeba brát v úvahu nestandardní transport do laboratoře. Veškerou zodpovědnost za tyto komplikace přebírá požadující pracoviště. U vzorků došlých poštou bude tato skutečnost zaznamenána na žádance spolu s datem a podpisem osoby, která vzorky přebrala.
CMBG svoz vzorků nezajišťuje.
