Laboratorní příručka ÚLM-OKMI

Oddělení klinické mikrobiologie a imunologie (OKMI) je spolu s Oddělením klinické biochemie (OKB) a Centrální multioborovou laboratoří (CEMULA) součástí Ústavu laboratorní medicíny. Ústav laboratorní medicíny (ÚLM) zajišťuje laboratorní diagnostiku včetně konzultační činnosti v odbornostech klinická biochemie, klinická mikrobiologie, klinická imunologie. Mimo laboratorní diagnostiku se ÚLM věnuje také výzkumné, výukové a publikační činnosti.

Oddělení klinické mikrobiologie a imunologie je zdravotnickou laboratoří akreditovanou dle ČSN EN ISO 15189:2013. Seznam akreditovaných vyšetření je uveden v příloze 6 LP.

ÚLM-OKMI je umístěno ve FN Brno, na Pracovišti nemocnice Bohunice a porodnice, Jihlavská 20, 625 00 Brno a dále členěno a umístěno následovně:

Vedení Oddělení klinické mikrobiologie a imunologie ÚLM		Budova C, 1. nadpodlaží
Útvar bakteriologie	Úsek bakteriologie	Budova C, 1. nadpodlaží
	Antibiotické středisko
	Úsek mikrobiologických kontrol a technologií
Útvar imunologie a molekulární mikrobiologie	Úsek imunopatologie	Budova F, přízemí
	Úsek infekční imunologie
	Úsek molekulární mikrobiologie

Některé činnosti ÚLM-OKMI vyžadující dostupnost nepřetržitého provozu jsou zajišťovány v rámci ÚLM-CEMULA a dalších spolupracujících laboratoří FN Brno

V nepracovní dny je zajištěn příjem biologického materiálu 6:00-11:30 hod přes příjem materiálu útvaru Bakteriologie. Potrubní pošta (č. 2188): 6:00-11:00 hod. V nepracovní dny je zajištěno provedení statimových vyšetření v čase 8:00-14:00 hod.

Diagnostika SARS-CoV-2 (RNA, antigenní testy) je zajištěna po všechny dny v roce. Příjem biologického materiálu reflektuje aktuální epidemiologickou situaci a je popsán v aktuální verzi Přílohy 1.

Nepřetržitý provoz:

Vyšetření jsou zajišťována v laboratořích mimo ÚLM-OKMI s nepřetržitým provozem. Vyšetření garantuje ÚLM-OKMI a informace o něm poskytuje Laboratorní příručka ÚLM-OKMI.

Satelitní kultivace hemokultur umožňuje zahájení kultivace v nepřetržitém provozu, tj. bezprostředně po odběru krve a dodání vzorku do laboratoře. Dokončení kultivace a mikrobiologické zpracování vzorku v případě pozitivního nálezu je prováděno standardním způsobem na ÚLM-OKMI. Reporting výsledků včetně předběžného pozitivního nálezu z kultivace je po doplnění mikroskopického zhodnocení reportován standardním způsobem personálem ÚLM-OKMI.

• Pracoviště ÚLM-CEMULA (ÚLM-OKB, Jihlavská, budova CH, 5. patro) - pracovní den v čase 16:30-6:00 hod., mimo pracovní dny (víkend, svátek) v čase 11:30- 6:00 hod. Potrubní pošta č. 3168. Mimo tyto časy přijímá hemokultury přímo ÚLM-OKMI.
• Pracoviště Centrální příjem vzorků biologického materiálu (Černopolní, DN) – přijímá hemokultury nepřetržitě a mezi transporty na ÚLM-OKMI zajišťuje satelitní kultivaci.

Statimová diagnostika SARS-CoV-2 (antigeny, RNA) v ÚLM-CEMULA (ÚLM-OKB, budova CH, 5. patro a laboratoř NBP - Obilní trh). Provozní doba a aktuální vyšetřovací postupy jsou popsány v dokumentu Vyšetření SARS-CoV-2 ve FN Brno (Příloha 1 LP), který je dostupný na webu ÚLM-OKMI.

Název	Ústav laboratorní medicíny - Oddělení klinické mikrobiologie a imunologie (ÚLM-OKMI)
Vedoucí oddělení	prof. RNDr. Lenka Zdražilová Dubská, Ph.D.
Adresa	Fakultní nemocnice Brno, Jihlavská 20, 625 00 Brno
Zřizovatel	Fakultní nemocnice Brno
IČ FN Brno	65269705
DIČ FN Brno	CZ65269705
Umístění ÚLM-OKMI	Pracoviště nemocnice Bohunice a porodnice – NBP, Jihlavská 20, 625 00 Brno
Vedení pracoviště, bakteriologie, antibiotické středisko	Pracoviště nemocnice Bohunice a porodnice – NBP, budova C, 1. patro
Imunologie a molekulární mikrobiologie	Pracoviště nemocnice Bohunice a porodnice – NBP budova F, přízemí
Internet	www.fnbrno.cz

Kontakty:

vedoucí ÚLM-OKMI	Budova C	532232178 zdrazilovadubska.lenka(a)fnbrno.cz
sekretariát ÚLM-OKMI	Budova C	532233311
vedoucí lékař bakteriologie	Budova C	532232974
vedoucí lékař antibiotického střediska	Budova C	532232392
vedoucí úseku mikrobiologických kontrol a technologií	Budova C	532232974
úsekový laborant pro bakteriologii	Budova C	532232143
příjem materiálu – bakteriologie	Budova C	532232176
bakteriologie - laboratoře	Budova C	532232188
vedoucí úseku molekulární mikrobiologie	Budova F	532236958
vedoucí úseku infekční imunologie/serologie	Budova F	532232292
vedoucí úseku imunopatologie	Budova F	532232292
úsekový laborant pro IMM	Budova F	532232479
příjem materiálu – imunologie, molekulární mikrobiologie	Budova F	532232685
infekční imunologie / sérologie laboratoře	Budova F	532233389
molekulární mikrobiologie – laboratoře	Budova F	532232685
imunopatologie - laboratoře	Budova F	532233031

Ústav laboratorní medicíny zajišťuje rutinní, speciální a statimová vyšetření a činnosti vycházející z koncepce oboru klinické biochemie, oboru klinické mikrobiologie a oboru alergologie a klinická imunologie pro potřeby klinik a oddělení FN Brno a pro žadatele v rámci jihomoravského regionu.

Oddělení klinické mikrobiologie a imunologie se podílí (i) na diagnostice infekčních chorob a na sledování dynamiky průběhu onemocnění, vyvolaných mikroorganismy jako jsou viry, bakterie, kvasinky, plísně, prvoci a jiní parazité a (ii) na diagnostice imunopatologických stavů včetně alergií a atopií.

ÚLM-OKMI provádí konzultační a konziliární činnost v rámci diferenciální diagnostiky, interpretace laboratorních nálezů a optimalizace diagnostických a léčebných postupů.

Pracoviště je akreditováno Českým institutem pro akreditaci podle ČSN EN ISO 15189:2013.

Pracoviště má statut akreditovaného pracoviště pro vzdělávací program v oboru lékařská mikrobiologie a poskytuje odborné stáže pro lékaře v předatestační přípravě. Zájemce o stáž uzavře smlouvu s Oddělením vzdělávání FN Brno. Činnost stážistů na ÚLM-OKMI nemůže ovlivnit kvalitu produktu (výsledek vyšetření).

ÚLM-OKMI se podílí se na pregraduálním i postgraduálním vzdělávání zdravotních laborantů, podílí se na výuce posluchačů LF MU v Brně.

ÚLM-OKMI se podílí se na řešení výzkumných úkolů klinik a oddělení FN Brno a spolupracuje v akademické oblasti s univerzitami.

 

Tel 53223xxxx
vedoucí oddělení	prof. RNDr. Lenka Zdražilová Dubská, Ph.D. (garant 813)	kl. 2178
vedoucí Útvaru imunologie a molekulární mikrobiologie
vedoucí úseku molekulární mikrobiologie	RNDr. Martina Mrkvicová, Ph.D.	kl. 2479
vedoucí úseku infekční imunologie	Mgr. Jana Lindušková	kl. 2292
vedoucí úseku imunopatologie	Mgr. Miroslava Mauderová	kl. 2292
vedoucí Útvaru bakteriologie, zástupce vedoucího oddělení	MUDr. Ivana Vítková (garant 802)	kl. 2974
vedoucí lékař bakteriologie
vedoucí lékař ATB střediska	MUDr. Beáta Horváthová	kl. 2392
vedoucí úseku mikrobiologických kontrol a technologií	Mgr. Iva Kocmanová	kl. 2974
manažer kvality ÚLM	RNDr. Martina Mrkvicová, Ph.D.	kl. 6958
zástupce manažera kvality pro bakteriologii	Mgr. Iva Kocmanová	kl. 2974
zástupce manažera kvality pro IMM	Mgr. Anna Ondračková	kl. 2292
vedoucí laborant ÚLM	Martina Kvěchová	kl. 3054
úsekový laborant pro bakteriologii	Bc. Julie Chvátolová	kl. 2143
úsekový laborant pro IMM	Ing. Eva Dojčarová, DiS.	kl. 2479
správce dokumentace	Mgr. Šárka Černá	kl. 2199
metrolog ÚLM	Mgr. Alena Korberová	kl. 2479
zástupce metrologa pro bakteriologii	Jiří Šíma	kl. 2188

Bakteriologie, mykologie, parazitologie

· Běžně požadovaná vyšetření jsou parametricky uvedena v žádance BAKTERIOLOGIE (aktuální na webu ÚLM-OKMI), požadavek na v žádance neuvedená prováděná vyšetření je možné uvést do kolonky „doplňující informace“ případně v kombinaci s „materiál jiný“.

· Statimová vyšetření prováděná mimo standardní pracovní dobu ÚLM-OKMI na pracovišti ÚLM-CEMULA (ÚLM-OKB, pavilon CH) jsou uvedena v žádance MIKROBIOLOGIE STATIM – viz C.03 Požadavky na statimová vyšetření

· Níže uvedený přehled vyšetření je rámcový. Aktuálně prováděná bakteriologická vyšetření včetně typu vyšetřovaného materiálu najdete v Příloze 2 LP (Přehled mikrobiologických vyšetření a vyšetřovaných patogenů) a podrobněji pak v Příloze 5 LP (Informace k vyšetřením OKMI).

 

Bakteriologie (žádanka BAKTERIOLOGIE)

Kultivace běžná aerobní a anaerobní

· stěry a výtěry - z krku, nosu, ucha, oka, z rekta , z kůže, z rány, z uretry, z pochvy, hrdla děložního, z tělesných dutin, stěry z prostředí, z povrchů

· moč, hnis, likvor, punktát, ascites, dialyzát, žluč, mateřské mléko

· otisky z popálených ploch

· tkáň na drcení, kontaktní čočky, roztok na čočky, nitroděložní tělísko

· seškrab z rohovky

· katetry, cévky, drény

· sputum, tracheální aspirát, materiál z bronchoalveolární laváže, aspirát ze subglotického prostoru

· hemokultivace

Kultivace obligátních střevních patogenů

Kultivace Neisseria gonorrhoeae

Monitorace bakteriálního osídlení (screening VRE, MRSA, ESBL, MBL, KPC)

Předporodní screening Streptococcus agalactiae

Průkaz Ureaplasma spp. a Mycoplasma hominis

Průkaz antigenu Streptococcus pneumoniae z likvoru a moče

Průkaz antigenu Legionella sp. z moče

Průkaz Trichomonas vaginalis

Kultivace Helicobacter pylori, Průkaz antigenu Helicobacter pylori ze stolice

Průkaz antigenu a toxinu Clostridium difficile

Průkaz rotavirů, adenovirů a norovirů

Mikroskopické vyšetření na TBC

Kultivace Bordetella pertusis, Bordetella parapertussis

 

Kvalitativní stanovení citlivosti na antibiotika pomocí diskové difuzní metody

Kvantitativní stanovení citlivosti na antibiotika – minimální inhibiční koncentrace

Fenotypový průkaz karbapenemáz – KPC, OXA, VIM, IMP, NDM

 

Sterilita transfuzních přípravků

Sterilita roztoků, předmětů a tkání

 

Parazitologie (žádanka BAKTERIOLOGIE)

Průkaz střevních parazitů

Průkaz vajíček roupů

Průkaz krevních a tkáňových parazitů

Kultivace akantaméb

Průkaz vajíček schistosom v moči

Determinace ektoparazitů

Tasemnice, červi – determinace

Průkaz G. intestinalis v duodenální šťávě

Jiný biologický materiál na parazity – sputum, punktát

 

Mykologie (žádanka BAKTERIOLOGIE)

Kultivace na kvasinky/plísně

Průkaz Cryptococcus sp.

Průkaz antigenu Aspergillus sp.

Průkaz panfungálního antigenu

Dermatofyta

 

 

Molekulární mikrobiologie / PCR (žádanka MOLEKULÁRNÍ MIKROBIOLOGIE)

· Níže uvedený přehled vyšetření je rámcový. Veškerá aktuálně prováděna vyšetření (po jednotlivých patogenech a po vyšetřovacích panelech) jsou uvedena v žádance MOLEKULÁRNÍ MIKROBIOLOGIE (aktuální na webu ÚLM-OKMI).

· Statimová vyšetření prováděná mimo standardní pracovní dobu ÚLM-OKMI na pracovišti ÚLM-CEMULA (ÚLM-OKB, pavilon CH) jsou uvedena v žádance MIKROBIOLOGIE STATIM – viz C.03 Požadavky na statimová vyšetření

· Aktuálně prováděná vyšetření (jednotlivé patogeny) včetně typu vyšetřovaného materiálu najdete v Příloze 2 LP (Přehled mikrobiologických vyšetření a vyšetřovaných patogenů) a podrobněji pak v Příloze 5 LP (Informace k vyšetřením ÚLM-OKMI).

 

Bakteriální meningitidy (vč. Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae b, Listeria monocytogenes, E. coli K1).

Virové meningitidy (vč. Enterovirus sp., Parvovirus B19, Parotitis, Parechovirus (HPeV), Adenovirus, Herpesviry).

Respirační patogeny (vč. Influenzavirus A, Influenzavirus B, RS virus, SARS-CoV-2, Metapneumovirus, Parainfluenza, Adenovirus, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis, B. parapertussis, Chlamydophila pneumoniae, Haemophilus influenzae, Aspergillus spp. Mycobacterium tuberculosis).

STD (Herpesviry, HPV high risk, HPV low risk, Chlamydia trachomatis + sérovary L1-L3, Treponema pallidum, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis, Mycoplasma, Ureaplasma, Haemophilus ducreyi).

Herpesviry: EBV (kvantitativně, kvalitativně), CMV (kvantitativně, kvalitativně), VZV, HSV1,2, HHV 6, HHV 7.

Hepatitidy: HBV kvantitativně, HCV kvantitativně, HCV genotypizace, HEV, HAV.

Arboviry: Virus Dengue, Virus Zika, Virus Žluté horečky, Virus Chikungunya, Virus Zapadonilské horečky

Gastroenteritidy virové (Adenovirus, Rotavirus, Norovirus, Astrovirus, Sapovirus).

Gastroeneteritidy bakteriální (vč. Salmonella spp., Campylobacter spp., Clostridium difficile + hypervirulentní ribotyp, Vibrio spp., E. coli, Yersinia enterocolitica, Aeromonas spp., Plesiomonas shigelloides).

Gastroeneteritidy parazitární (vč. Giardia intestinalis, Entamoeba histiolytica, Cryptosporidium spp., Blastocystis hominis, Dientamoeba fragilis, Cyclospora cayetanensis).

Ostatní: JCV, Toxoplasma gondii, Morbilli, MRSA, Borrelia burgdorferi s.l., Francisella tularensis, Anaplasma sp., Leptospira spp., Monkeypoxvirus, HIV-1 kvalitativně, kvantitativně

Mycobacterium spp.: Netuberkulozní mykobakterie, Mycobacterium tuberculosis, Rezistence k Rifampicinu a Isoniazidu u Mycobacterium tuberculosis

Genetický průkaz karbapenemáz – KPC, OXA, VIM, IMP, NDM

 

 

Infekční imunologie (žádanka INFEKČNÍ IMUNOLOGIE)

· Níže uvedený přehled vyšetření je rámcový. Veškerá aktuálně prováděna vyšetření jsou uvedena v žádance INFEKČNÍ IMUNOLOGIE (aktuální na webu ÚLM-OKMI).

· Statimová vyšetření prováděná mimo standardní pracovní dobu ÚLM-OKMI na pracovišti ÚLM-CEMULA (ÚLM-OKB, pavilon CH) jsou uvedena v žádance MIKROBIOLOGIE STATIM – viz C.03 Požadavky na statimová vyšetření

· Aktuálně prováděná vyšetření (jednotlivé patogeny) včetně typu vyšetřovaného materiálu najdete v Příloze 2 LP (Přehled mikrobiologických vyšetření a vyšetřovaných patogenů) a podrobněji pak v Příloze 5 LP (Informace k vyšetřením ÚLM-OKMI).

 

Protilátky, antigeny, buněčná imunita:

Virové hepatitidy (protilátky, antigeny): HAV, HBV, HCV, HDV, HEV

Klíšťaty přenášené patogeny: Borrelia burgdorferi sensu lato vč. intratekální syntézy protilátek a stanovení CXCL-13, Virus klíšťové encefalitidy, Anaplasma phagocytophilum

Antropozoonózy: Bartonella henselae, Francisella tularensis, Toxoplasma gondii, Toxocara canis

Herpetické viry: HSV 1,2, CMV, EBV, HHV-6, VZV

Respirační viry: Influenzavirus A, Influenzavirus B, RS virus, Adenovirus, SARS-CoV-2

Chlamydie a respirační bakterie: Chlamydophila pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma pneumoniae, Bordetella pertusis, Bordetella parapertussis

STD: HIV 1,2, Treponema pallidum, RPR, vč. intratekální syntézy anti-TP protilátek

Ostatní: Parvovirus B19, Enterovirus sp., Listeria monocytogenes, Helicobacter pylori, Yersinia enterocolitica O3, O9, Y. pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Salmonella, Virus parotitidy, Virus zarděnek, Virus spalniček, Pseudomonas aeruginosa IgG

Postvakcinační: Haemophilus influenzae, Corynebacterium diphtheriae, Streptococcus pneumoniae, Clostridium tetani, Virus parotitidy, Virus zarděnek, Virus spalniček

Buněčná imunita: IGRA – TBC

MRZH reakce (intratekální syntéza protilátek IgG proti viru Morbilli, Rubeola, VZV, HSV)

 

 

Imunopatologie (žádanka IMUNOPATOLOGIE)

· Níže uvedený přehled vyšetření je rámcový. Veškerá aktuálně prováděna vyšetření jsou uvedena v žádance IMUNOPATOLOGIE (aktuální na webu ÚLM-OKMI).

· Aktuálně prováděná vyšetření jsou podrobně popsána v Příloze 5 LP (Informace k vyšetřením ÚLM-OKMI).

 

Autoimunity:

Protilátky proti strukturám buněčného jádra a cytoplazmy: Antinukleární protilátky ANA, ANCA, Protilátky proti proteináze 3 (PR3) IgG, Protilátky proti myeloperoxidáze (MPO) IgG, Protilátky proti ds a ss DNA IgG, Protilátky proti DNP IgG, Protilátky proti nukleosomům IgG, Protilátky

proti histonům IgG, Protilátky proti extrahovatelným jaderným antigenům (ENA screen + Ro (Ro-52/Ro-60), La, Sm, RNP, Scl-70, Jo-1, centromera, DFS-70 IgG).

Protilátky proti fosfolipidům: Protilátky proti kardiolipinu IgA, IgG, IgM, Protilátky proti beta2 glykoproteinu IgA, IgG, IgM, Protilátky proti annexinu V IgG, IgM. Protilátky proti doméně I beta2 glykoproteinu, Protilátky proti komplexu fosfatidylserin/protrombin IgG, IgM.

Autoimunitní onemocnění jater, žaludku a ledvin: Protilátky proti mitochondriím IgG; Protilátky proti mikrozomům jater a ledvin IgG; Protilátky proti hladkému svalstvu IgG; Protilátky proti parietálním buňkám IgG; Protilátky proti vnitřnímu faktoru IgG; Protilátky proti PLA2R; Protilátky proti bazální membráně glomerulů; Protilátky u autoimunitních hepatitid (AMA-M2, M2-3E, Sp100, gp210, LKM-1, LC-1, SLA/LP, Ro-52).

Potravinová intolerance: Protilátky proti deamidovanému gliadinu IgA, IgG; Protilátky proti tkáňové transglutamináze IgA, IgG; Protilátky proti endomyziu IgA, IgG; Protilátky proti retikulinu IgA, IgG; Protilátky proti Saccharomyces cerevisiae IgA, IgG, Protilátky proti kravskému mléku IgA, IgG.

Dermatologický soubor: Protilátky proti intercelulární substanci kůže, Protilátky proti bazální membráně kůže, Protilátky proti desmogleinu 1, desmogleinu 3, Protilátky proti BP 180, BP 230.

Neurologický soubor: Paraneoplastické protilátky (anti-Hu, Yo, Ri, CV2, Amphiphysin, Ma2/Ta, SOX1, Tr, Zic4, GAD65, Recoverin, Titin), Protilátky u autoimunitních encefalitid (anti-NMDAR, AMPA1, AMPA2, CASPR2, LG1, GABARB1/B2), Protilátky proti aquaporinu-4 IgG (anti-AQP4) a Protilátky proti myelin oligodendrocytárnímu glykoproteinu IgG (anti-MOG), Protilátky proti acetylcholinovému receptoru IgG (anti-AChR) a Protilátky proti svalové tyrozinkináze IgG (anti-MuSK), Triplet neurodegenerace/Alzheimer (tTau protein, pTau protein a β-amyloid 1-42).

Cirkulující imunokomplexy

Anti-IgA

 

Buněčná imunita:

T-lymfocyty (CD3/4/8): CD3+/lymfo, CD4+/lymfo, CD8+/lymfo, CD4/CD8 poměr, T-lymfocyty, Th-lymfocyty, Tc-lymfocyty

Subpopulace lymfocytů (T/B/NK): CD45+, CD45low+, CD14+/leuko, CD19+/lymfo, CD3+/lymfo, CD4+/lymfo, CD8+/lymfo, CD16+/lymfo, CD56+/lymfo, CD4/CD8 poměr, T-lymfocyty, Th-lymfocyty, Tc-lymfocyty, NK-buňky, CD3+CD16+/CD56+ NKT-like

Regulační T-lymfocyty

Gamma-delta T-lymfocyty: gamma-delta T-lymfocyty, TCR Vg9, TCR Vd2

 

Efektorové/paměťové T-lymfocyty: CD4+ N, CD4+ CN, CD4+ EM, CD4+ TEM, CD8+ N, CD8+ CN, CD8+ EM, CD8+ TEM

RTE CD4+ lymfocyty

Aktivační znaky (HLA-DR, CD69): HLA-DR/mono, HLA-DR/CD4 lymfo, HLA-DR/CD8 lymfo, CD69+/CD3 lymfo, CD69+/CD4 lymfo, CD69+/CD8 lymfo, CD69/NK, CD69+/NKT-like

Subpopulace monocytů: CD14++CD16-/mono, CD14++CD16+/mono, CD14+CD16++/mono

Neuroblastom: CD45, CD81, CD56, GD2, DNA index

QuantiFERON Monitor (QFM) test

 

Alergologie:

ECP, tryptáza, celkové IgE

Specifické IgE – jednotlivé a směsi (antigeny viz žádanka)

Specifické IgE – komponenty (antigeny viz žádanka)

Specifické IgG4 (antigeny viz žádanka)

Specifické IgG (antigeny viz žádanka)

BAT test aktivace bazofilů (antigeny viz žádanka)

 

Léčba protilátkami:

Hladiny terapeutických protilátek a protilátek proti terapeutickým protilátkám/ADA (adalimumab, infliximab, ustekinumab, vedolizumab)

 

Další:

Gastrin, aldosteron, renin, kalprotektin ve stolici, pankreatická elastáza ve stolici, IgG, IgA, IgM, sIL-2R/sCD25, kalcitriol